Но не прошло и 50 лет со времени этого обновления собора, как храм Успения подвергся новому ужаснейшему бедствию. В начале 1237 года огромные полчища монголов, пройдя из края в край отечество наше, истребляя все на пути своем огнем и мечем и, оставляя по себе только трупы и развалины, достигли, наконец, и стольного города Владимира.
После первой неравной битвы с монголами немногочисленные защитники города сложили свои головы, и дикие варвары, прорвавшись сквозь крепкие стены города, устремились по трупам доблестных защитников отечества в храмы и дворцы завоеванной великокняжеской столицы. Алчные взоры грабителей прежде всего устремились на златоверхий храм Успения. Здесь в крепких стенах его, беззащитные граждане думали найти последнее убежище. Заградивши двери церковные, множество бояр, женщин и детей, преклонив колена, с вполем и плачем взывали к пречистому образу Богоматери, прося ся защиты и заступления. А на восходных полатях (на хорах) в это время свершалось зрелище, полное умиления. Великая княгиня Агафья, супруга Великого князя Георгия, со всеми оставшимися детьми своими и внучатами, с женщинами боярскими и сонмом инокинь, не видя спасения и предпочитая мученическую смерть позорному плену монгольскому, готовились принять кончину, как подобает истинным христианам. Доблестный святитель Владимирский Митрофан, решившись разделить общую участь со своей паствою, предстоял алтарю вместе с клиром церковным и изливал в последних молитвах душу свою. Напутствовал всех св. Дарами, он облекал всех желающих в схиму, как в броню спасения. С шумом разбились врата соборного храма под напором полчища варваров, и неприятели с дикими криками ворвались в святилище, обагряя пол и стены его кровью новых мучеников, невинных граждан Владимирских, жен и детей. С яростью бросились варвары на расхищение соборных сокровищ: они расхитили всю дорогую утварь церковную, сняли с икон золотые и серебряные венцы и оклады и лишили храм всех его драгоценностей. Чудотворная икона Владимирской Божьей Матери вторично осталась невредимой от огня, но варвары лишили ее всех украшений, ободрав драгоценный оклад. Изверги не могли достигнуть до великокняжеского семейства на хорах, ибо закладена была изнутри потаенная лестница; в дикой и бессильной злобе они решились истребить храм и бывших в нем огнем; обложив стены бревнами и натаскав хворосту, варвары разлили губительное пламя. Горькие узники, скрывавшиеся на хорах, видели весь ужас всенародного избиения и сами, обреченные на смерть, с трепетом ждали последней минуты. И вот поднявшиеся облака дыма из зажженного храма мало-по-малу задушили недосягаемых мечем, смолкли вопли и рыдания, и в этих облаках отлетели к Господу их чистые души!
Так снова соборный храм Успения лишился всего богатства своего и всей красоты своей, опять остались от него только голые стены, снаружи и внутри опаленные пламенем и почерневшие от дыма.