Неизвестно, после какого именно пожара часть столбов Храма Рождества Богородицы, поддерживающих купол из белого камня, обрушилась, и белые камни были заменены кирпичными. Самые стены были подстроены кирпичами и вместо древнего трибуна (шея около главы) поставлен новый кирпичный же с луковичной главной и прорванным крестом формы XVII века.
В стенах древней церкви для сообщения с новыми пристройками арх. Викентия и папертью было пробито шесть больших арок, — древние узкие окна в церкви и алтарях были заложены кирпичом, и вместо них пробиты новые широкие выше или ниже первых. Оставшиеся между пробитых арок ослабленные части древних стен и внутренние столбы, обремененные накладкой нового верха, трескались и с каждым годом приходили в большую и большую ветхость, так что, наконец, стали грозить падением. Требовалась капитальная перестройка древнего здания, испорченного временем, пожарами и неискусными строителями, а между тем, достаточных средств, для такой реставрации не было, и древняя Рождествено-Богородицкая церковь стояла «пуста без пения» до 1858 года. В августе месяце 1858 года в Бозе почивший Государь Император Александр Николаевич, при посещении Владимира, обратил внимание на такое жалкое состояние древнего памятника церковного зодчества XIIв. и Всемилостивейше соизволил пожаловать на возобновление храма 20,000 р. и из сумм Святейшего Синода было пожертвовано 10,000 р. Тогда же был составлен проект реставрации. Затем, когда наличных денег не хватало, несмотря на многие частные пожертвования, Государь Император снова соизволил пожертвовать из собственных сумм 20,000 рублей и работа быстро начинала продвигаться вперед.
Благодаря знатокам древне-русского зодчества, собор предстал в своем первоначальном виде. В особенности наружный вид его выиграл от блестящей медной главы, вызолоченной гальваническим способом, так что церковь в полном смысле можно назвать златоглавой.